デフォルト設定の semantic が semantic.cache を各ディレクトリに作ってアレなときにすべき設定
semanticdb-default-save-directory にディレクトリを設定してあげると、そこにキャッシュを作るようになります。
(setq semanticdb-default-save-directory "~/.emacs.d/")
また、 semanticdb-default-file-name を変更するとキャッシュファイルの名前を変更する事もできます。
これらの変数は、cedet/semantic/semanticdb-file.el で定義されています。
M-x custom-group semanticdb
でもOKです!!