デフォルト設定の semantic が semantic.cache を各ディレクトリに作ってアレなときにすべき設定

semanticdb-default-save-directory にディレクトリを設定してあげると、そこにキャッシュを作るようになります。

(setq semanticdb-default-save-directory
      "~/.emacs.d/")

また、 semanticdb-default-file-name を変更するとキャッシュファイルの名前を変更する事もできます。

これらの変数は、cedet/semantic/semanticdb-file.el で定義されています。

M-x custom-group semanticdb

でもOKです!!